O planejamento estratégico é uma prática que vem sendo exercitada no IJSN desde 2008 e tem como objetivo definir as diretrizes que nortearão a evolução da instituição. 

Nesta edição, o planejamento estratégico foi aprimorado utilizando conceitos inovadores nas etapas de revisão da identidade institucional com a definição da Declaração de Propósito e dos Objetivos e Resultados Chave do IJSN e das gerências e coordenações do instituto, com uso da metodologia de OKR (Objectives and Key Results). Outra inovação foi a mudança no horizonte de tempo do Planejamento Estratégico para um ano.

Este plano de navegação está alinhado ao Planejamento Estratégico do Governo do Estado do Espírito Santo e ambos dão base sólida para alcançar os objetivos de desenvolvimento do Plano de Estado “ES2030”. O processo foi conduzido pelo capital humano da instituição com a colaboração do Laboratório de Inovação na Gestão (LAB.ges) da Secretaria de Gestão e Recursos Humanos (Seger).