O BNDES instituiu, em dezembro de 1997, o Fundo para o Desenvolvimento Regional com Recursos da Desestatização - FRD destinado a financiar projetos, a fundo perdido, de desenvolvimento regional e social em municípios situados na área geográfica da Cia. Vale do Rio Doce.  No caso do Espírito Santo, estão incluídos 47 municípios. Previsto no processo de Desestatização da CVRD, o Fundo dispôs para o Espírito Santo R$ 21.000.000,00 (vinte e um milhões de reais), sendo este valor corrigido conforme rendimentos líquidos resultantes de aplicações financeiras.
 
A inserção do Instituto Jones dos Santos Neves no desenvolvimento das atividades do FRD deu-se no início do ano de 1999, com o relevante papel de gerenciar todo o processo de implementação do Programa FRD no Estado do Espírito Santo, no qual estão incluídas as etapas de avaliação e análise do projeto, seu acompanhamento tanto em termos de execução física como financeira, avaliação sistêmica quanto à eficiência e eficácia do projeto, além de monitorar e atender as demandas resultantes das exigências contratuais, de acordo com a elaboração do documento intitulado “Programa de Investimentos do Estado”, cujo conteúdo referia-se a um diagnóstico socioeconômico dos municípios objeto de intervenção e, sobretudo, a uma base de análise e propostas para aplicação desses investimentos no Estado do Espírito Santo. 
 
O IJSN concluiu a primeira fase do Plano de Investimentos no Estado do Espírito Santo em 2006, no qual foi aplicado um montante de recursos na ordem de R$ 19,0 milhões, que resultou na realização de 154 projetos que contribuíram, sobremaneira, para a melhoria na qualidade do atendimento nas áreas de Saúde, Saneamento e Assistência Social.
 
Em decorrência dos rendimentos da aplicação dos recursos citados acima, o BNDES firmou novo contrato com o IJSN implementando a 2ª Etapa do Programa FRD no Estado do Espírito Santo, com uma Contrapartida do Governo do Estado de R$ 1,2 milhão, objetivando a continuidade do apoio aos 47 municípios da área de influência da Vale. Do total dos recursos, R$ 10 milhões são específicos para investimentos que promovam a despoluição da Bacia Hidrográfica do Rio Doce. 
      
O BNDES renovou o contrato com o IJSN, por mais cinco anos, estendendo o prazo de utilização dos recursos até o ano de 2019. Atualmente O FRD desenvolve suas atividades com uma Carteira de 90 Projetos, sendo que destes, 38 foram concluídos, com uma aplicação de recursos na ordem de 39.8 milhões. Dos 52 projetos que estão em andamento, 20 estão em fase de construção, 15 convênios foram assinados com 11 municípios, analisou e aprovou 07 projetos e 10 foram  aprovados pelo Núcleo Técnico Gerencial –NTG.